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Tre domande per J. Craig Venter
Lo scienziato e imprenditore del genoma J. Craig Venter è meglio conosciuto per essere stato la prima persona a sequenziare il proprio genoma, nel 2001.
Quest'anno ha avviato una nuova società, Human Longevity, che intende sequenziare un milione di genomi umani entro il 2020 e, infine, offrire programmi basati sul Web per aiutare le persone a memorizzare e comprendere i propri dati genetici (vedi Microbes and Metabolites Fuel an Ambicious Aging Project ) .
J.Craig Venter
Venter dice di aver sequenziato i genomi di 500 persone finora e che i volontari stanno iniziando anche a sottoporsi a una serie di test che misurano la loro forza, le dimensioni del cervello, la quantità di sangue che pompano i loro cuori e, dice Venter, praticamente tutto ciò che può essere misurato una persona, senza aprirli. Queste informazioni verranno inserite in un database che può essere utilizzato per scoprire i collegamenti tra i geni e questi tratti, nonché la malattia.
Ma ciò richiederà una massiccia elaborazione dei dati. Per ottenere queste abilità, Venter ha reclutato Franz Och , lo specialista dell'apprendimento automatico leader di Google Translate. Ora Och applicherà metodi simili allo studio dei genomi in un negozio di software e scienza dei dati che Venter sta aprendo a Mountain View, in California.
L'assunzione arriva proprio mentre Google stessa ha lanciato uno sforzo dal suono simile per iniziare a raccogliere dati biomedici (vedi Che cosa vale la pena di sparare sulla luna in questi giorni). Venter chiama i piani di Google per un database biomedico un piccolo passo, una versione molto più piccola di quello che stiamo facendo.
Ciò che è chiaro è che la ricerca sul genoma e la scienza dei dati si stanno unendo in modi nuovi e su scala molto più ampia che mai. Abbiamo chiesto a Venter perché.
Come stiamo andando in genomica?
A mio avviso, non vi è stato un numero significativo di anticipazioni. Uno dei motivi è che la genomica segue una legge di numeri molto grandi. Ho il mio genoma da 15 anni e non c'è molto che posso imparare perché non ci sono molti altri con cui confrontarlo.
Perché hai assunto un esperto di traduzione automatica come tuo massimo scienziato di dati?
Fino ad ora, non c'è stato un software per confrontare il mio genoma con il tuo, tanto meno con un milione di genomi. Vogliamo arrivare a un punto in cui ci vogliono pochi secondi per confrontare il tuo genoma con tutti gli altri. Ci vorrà molto lavoro per farlo.
Google Translate è iniziato come un algoritmo lento che richiedeva ore o giorni per essere eseguito e non era molto preciso. Ma Franz [Och] ha costruito una versione di apprendimento automatico che potrebbe uscire sul Web e trovare ogni articolo tradotto dal tedesco all'inglese o viceversa, e imparare da quelli. E poi è stato ottimizzato, quindi funziona in millisecondi.
Ho convinto Franz, e lui stesso si è convinto, che comprendere il genoma umano alla scala in cui stiamo cercando di farlo sarà una delle più grandi sfide di traduzione della storia.
In che modo scoprire la connessione tra geni e malattie è come tradurre le lingue?
Tutto in una cellula deriva dal tuo codice DNA, tutte le proteine, la loro struttura, che durino secondi o giorni. Tutto ciò è preprogrammato nel linguaggio del DNA. Poi si traduce in vita. Le persone saranno molto sorprese di quanto siamo una specie di software del DNA.