Mettere alla prova i test genetici

Il genetista Craig Venter e i suoi colleghi hanno testato due dei principali servizi di genomica per i consumatori e hanno dichiarato che l'industria nascente è promettente, ma è ancora molto presto in termini di utilità delle informazioni.

Venter, il fondatore del Istituto J. Craig Venter a San Diego, in California, e i collaboratori di quell'istituto e dello Scripps Translational Science Institute di La Jolla, in California, hanno inviato la saliva di cinque persone – non dicono di chi usavano la saliva – a 23andme e Navigenics , due importanti società di test del DNA online, entrambe con sede nell'area della Baia di San Francisco. Il team di Venter ha quindi analizzato e confrontato i risultati per vedere se i siti fornivano informazioni coerenti.

Il team ha confrontato le cinque serie di risultati del DNA per il rischio di sviluppare 13 malattie, tra cui cancro del colon, lupus, diabete di tipo 2 e sindrome delle gambe senza riposo.

I risultati sono pubblicati oggi in un commento sulla rivista Natura , insieme a suggerimenti su come migliorare i test genetici come prodotto diretto al consumatore.

Il gruppo di Venter ha scoperto che i dati di sequenziamento genetico grezzi forniti da ciascuna azienda erano coerenti quasi al 100%. Cioè, per i 500.000-1 milione di marcatori genetici testati per ogni persona, A, C, T e G erano quasi esattamente gli stessi.

Il modo in cui i siti di test genetici hanno interpretato i dati è stato meno coerente. Ciascuno ha utilizzato studi nella letteratura scientifica che hanno scansionato popolazioni umane alla ricerca di marcatori del DNA associati a fattori di rischio al fine di prevedere se una persona soccomberà a una particolare malattia. Una persona potrebbe avere, ad esempio, un rischio aumentato del 30% per il diabete di tipo 2 se ha una versione particolare del relativo marcatore genetico.

Per le sette malattie analizzate dai ricercatori, solo circa la metà dei fattori di rischio forniti da 23andme e Navigenics concordavano per i cinque pazienti. Ad esempio, per il lupus e il diabete di tipo 2, tre dei cinque soggetti hanno ricevuto risultati contrastanti.

Scavando più a fondo, i ricercatori hanno scoperto che alcuni dei fattori di rischio individuali erano sorprendentemente diversi. Per la psoriasi, 23andme ha riportato un fattore di rischio di 4,02 (quattro volte maggiore) per un individuo, mentre Navigenics ha riportato solo un fattore di rischio di 1,25 (25 per cento maggiore), una differenza tripla.

Nel mio propri esperimenti , ho confrontato i risultati forniti da diversi siti Web di test genetici online: 23andme e Navigenics, e anche con sede in Islanda deCodeme . I miei risultati per l'infarto hanno prodotto tre diversi rischi complessivi di infarto: alto da Navigenics, medio da 23andme e basso da deCodeme. Ho trovato diverse contraddizioni meno evidenti per il diabete, la degenerazione maculare e altri tratti.

Le differenze sorgono per due ragioni principali: perché diverse aziende a volte utilizzano marcatori e combinazioni di marcatori diversi per determinare un punteggio di rischio complessivo per una malattia e perché gli algoritmi utilizzati dai siti differiscono nel modo in cui pesano i fattori di rischio per i diversi marcatori genetici .

Lo studio Venter rileva che, in alcuni casi, le aziende definiscono il rischio medio di malattia della popolazione in modo diverso. Navigenics distingue il rischio di malattia della popolazione tra uomini e donne (ad esempio, gli uomini hanno maggiori probabilità di avere attacchi di cuore rispetto alle donne), mentre 23andMe tiene conto principalmente dell'età (ad esempio, l'incidenza dell'artrite reumatoide aumenta con l'età), scrivono gli autori. Questa ambiguità nella definizione di 'popolazione' sottolinea la cautela che si deve esercitare nell'interpretazione dei risultati di rischio assoluto.

Lo studio Venter formula diverse raccomandazioni per le aziende di test genetici diretti al consumatore. Questi includono una maggiore attenzione alle variazioni genetiche che hanno un alto impatto sul rischio di malattia e un invito a utilizzare più marcatori che forniscano informazioni sui fattori di rischio per l'assunzione di farmaci, come il warfarin, fluidificante del sangue, e le statine che abbassano il colesterolo. (23andme fornisce un marcatore che può indicare un rischio di effetti collaterali per il warfarin.) I ricercatori suggeriscono anche che i siti spiegano meglio come i loro marcatori si inseriscono nell'impatto complessivo dei geni su una malattia (ad esempio, se un dato marcatore rappresenta il 5% , 20% o 100% dell'impatto genetico su una malattia).

Le raccomandazioni alla comunità genetica includono la conduzione di studi clinici per convalidare i marcatori genetici per la malattia e per i tratti comportamentali in pazienti reali monitorati nel tempo e prestare maggiore attenzione alle etnie non caucasiche.

Il cofondatore di 23andme Anne Wojcicki e il cofondatore di Navigenics David Agus concordano entrambi con le raccomandazioni. C'è una netta necessità di trasparenza e qualità negli studi di associazione genetica, afferma Agus. Stiamo fornendo informazioni critiche alle persone per aiutarle con la loro salute personale. Tali informazioni devono essere corrette o abbiamo reso un disservizio.

Abbiamo in programma di lavorare con 23andme per sviluppare insieme gli standard per il campo, aggiunge Agus. Questo è uno sforzo volontario che finora ha vacillato. Andro Hsu, collega tra scienza e politica di 23andme, afferma che potrebbe essere necessaria una terza parte neutrale che crei standard, ha suggerito i Centers for Disease Control. Altri hanno parlato della Food and Drug Administration, o addirittura del National Institute of Standards and Technology.

Ciò che Venter e la società non hanno menzionato è la parola regolamentazione, che è probabile che accada in qualche forma se l'industria deve garantire che le informazioni siano accurate e coerenti. Il Natura il commento inoltre non richiede uno sforzo aggressivo e completo per convalidare i test genetici eseguendo studi nella clinica per vedere quale di questi marcatori prevede davvero la malattia, un progetto che potrebbe essere necessario per accelerare il giorno in cui questi test diventeranno più utili dal punto di vista medico per gli individui.

Venter, tuttavia, suggerisce che la più recente tecnologia di sequenziamento del DNA sta rapidamente producendo un'alternativa più accurata e completa al tipo di marcatori di DNA singoli utilizzati da queste aziende. Solo negli ultimi mesi, la capacità degli scienziati di sequenziare gli interi sei miliardi di nucleotidi del genoma di una persona è diventata abbastanza economica da poter presto sostituire i chip attualmente utilizzati dalle società di test. I test esistenti scansionano il genoma di una persona fino a un milione di marcatori che coprono la maggior parte delle variazioni genetiche associate alle malattie umane, ma non le coprono quasi tutte.

Solo due anni fa, sequenziare un intero genoma costava 1 milione di dollari; ora il prezzo sta rapidamente scendendo a meno di $ 50.000 e potrebbe arrivare a $ 5.000 entro il prossimo anno.

Una volta che avremo almeno 10.000 genomi umani e il fenotipo completo [profili di malattia] con questi genomi, saremo in grado di fare correlazioni che sono impossibili da fare al momento, dice Venter. A quel punto, i test genetici saranno un buon investimento per le aziende private e il governo.

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