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Il governo britannico sceglie Illumina per sequenziare 100.000 genomi
Il governo britannico afferma che prevede di assumere la società statunitense di sequenziamento genico Illumina per sequenziare 100.000 genomi umani in quello che è il più grande progetto nazionale per decodificare il DNA di una popolazione.
Gene macchina: Uno strumento di sequenziamento di Illumina può decodificare un genoma in un giorno.
In un deposito regolamentare con la Securities and Exchange Commission degli Stati Uniti, Illumina ha affermato di essere stata scelta come partner preferito per il progetto da 100 milioni di sterline.
Genomics England ha confermato di aver scelto la società californiana per realizzare il progetto di sequenziamento. Abbiamo attraversato il processo di 'bake-off' per trovare la società giusta per eseguire il sequenziamento e ora avvieremo negoziati dettagliati, afferma Vivienne Parry, portavoce di Genomics England.
Gli strumenti di sequenziamento di Illumina dominano il mercato per svelare il DNA (vedi 50 aziende più intelligenti). Parry afferma che meno di altre cinque società si sono offerte per il lavoro, uno dei più grandi progetti di sequenziamento mai intrapresi.
Alcuni altri paesi stanno anche prendendo in considerazione grandi progetti di sequenziamento nazionale. Il progetto del Regno Unito si concentrerà sulle persone malate di cancro, nonché su adulti e bambini affetti da malattie rare. Poiché tutti i britannici sono membri del Servizio sanitario nazionale, il progetto prevede di poter confrontare i dati del DNA con cartelle cliniche centralizzate dettagliate (vedi Perché il Regno Unito vuole un servizio sanitario nazionale genomico).
Mentre il numero di genomi da sequenziare è 100.000, il numero totale di britannici che partecipano allo studio è inferiore, circa 70.000. Questo perché per i malati di cancro Genomics England intende ottenere la sequenza sia del loro DNA ereditato che di quello dei loro tumori.
Genomics England ha iniziato a parlare all'inizio di quest'anno con potenziali offerenti, tra cui la società cinese e la rivale Illumina BGI (vedi Inside China's Genome Factory ). A quel tempo, il costo medio per completare un genoma era di circa $ 3.000 a $ 4.000.
Il completamento di tutti i 100.000 genomi sarebbe costato più del doppio del budget di Genomics England. L'agenzia ha dichiarato a dicembre che intendeva usare il suo potere negoziale per abbassare i prezzi.
Illumina ha reagito rilasciando un nuovo sistema, Hiseq X Ten, che si dice sarebbe in grado di sequenziare i genomi per 1.000 dollari ciascuno, attraversando una barriera di prezzo tanto attesa (vedi Illumina ha il primo genoma da 1.000 dollari?).
Quel sistema è in realtà composto da 10 macchine, ciascuna del costo di $ 1 milione. Richiedendo agli acquirenti di investire almeno $ 10 milioni in apparecchiature, Illumina si è assicurata che i costi inferiori del suo nuovo sistema non influissero ampiamente sui prezzi in altre parti del mercato del sequenziamento, consentendogli di acquisire grandi posti di lavoro nazionali come quello nel Regno Unito.
Secondo gli utenti del nuovo sistema Illumina, il prezzo per genoma è ancora più vicino a $ 2.000 che a $ 1.000.
Parry afferma che Illumina effettuerà la sequenza per conto di Genomics England e che i due concluderanno i negoziati nelle prossime due settimane. È un progetto enormemente entusiasmante che è al limite della tecnologia. Non è qualcosa che le persone hanno fatto prima, dice Parry. Saremo ai limiti della tecnologia.
[Aggiornamento 7/12/14: Illumina effettuerà il sequenziamento per conto di Genomics England di 100.000 genomi. Una versione precedente di questo articolo diceva erroneamente che Genomics England intendeva sequenziare il DNA di 100.000 individui distinti e che lo avrebbe fatto a sua volta con strumenti acquistati da Illumina.]