Genoma umano contaminato da DNA di micoplasmi

All'inizio di quest'anno, i biologi molecolari hanno annunciato che Il 20% dei database del genoma non umano è contaminato da DNA umano , probabilmente dai ricercatori che hanno sequenziato i campioni.

Ora, il genoma umano stesso è stato contaminato. Bill Langdon dell'University College London e Matthew Arno del Kings College London affermano di aver trovato sequenze di batteri micoplasma nel database del genoma umano.

Questa contaminazione ha conseguenze di vasta portata. Le aziende biotecnologiche utilizzano il database del genoma umano per creare chip di DNA che misurano i livelli di espressione genica umana. Langdon e Arno affermano di aver trovato DNA di micoplasmi in due chip di DNA umano disponibili in commercio.

Chiunque utilizzi questi chip per misurare l'espressione genica umana misura inconsapevolmente anche l'espressione genica del micoplasma.

In un certo senso, questa non è certo una sorpresa. È noto che la contaminazione da micoplasmi è diffusa nei laboratori di biologia molecolare, affermano Langdon e Arno. Con un po' di fortuna la scoperta di questa roba nel database del genoma umano concentrerà le menti sul problema.

Una questione chiave è la natura di questo tipo di trasmissione di informazioni. Questi geni del micoplasma hanno chiaramente successo nel riprodursi in silico. Una possibilità è che stiamo assistendo all'inizio di un tipo completamente nuovo di scenario di infezione.

Qui, i geni che possono mascherarsi da umani (o addirittura da altri organismi) possono trasmettersi con successo da un database all'altro. E se pensiamo a questo come a un'infezione virtuale, una scommessa sicura è che ci preoccuperemo dell'evoluzione virtuale nel prossimo futuro.

Ma cosa fare? Il livello di contaminazione e il modo in cui si sta diffondendo suggerisce che i ricercatori stanno perdendo la battaglia per eliminarla. Temiamo che gli strumenti attuali siano inadeguati per catturare i geni che hanno superato la barriera del silicio, dicono.

La cosa più spaventosa di tutte è la possibilità che Langdon e Arno abbiano solo graffiato la superficie. Avendo trovato due sequenze di DNA sospette, sembra probabile che la sequenza del genoma umano pubblicata ne contenga di più, dicono.

Se l'infezione virtuale è davvero un problema così grande come suggeriscono Langdon e Arno, potremmo aver bisogno di proteggere i database con la versione genomica del software antivirus, una sorta di sistema immunitario virtuale.

Ma questo di per sé rischia di innescare una corsa agli armamenti evolutiva che seleziona i geni più capaci di battere le protezioni.

Chiaramente, questa è un'ortica che deve essere afferrata rapidamente. Questo se non è già troppo tardi.

Rif: arxiv.org/abs/1106.4192 : Dati più ammuffiti: infezione virtuale del genoma umano

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