Con la tuta in vernice, Illumina cerca di domare l'emergente rivale britannica Oxford Nanopore

Il gigante del sequenziamento genico Illumina è come lo Standard Oil dell'era del genoma. Tranne che al posto dell'olio pompa il DNA.

Più del 90 percento di tutti i dati sul DNA è generato da macchine vendute da Illumina e l'azienda di San Diego vuole mantenerlo tale.

Questo spiega perché Illumina ha affermato oggi che cercherà di bloccare le vendite commerciali di un nuovo strumento di sequenziamento del DNA dirompente sviluppato da un rivale britannico ad alta quota, Oxford Nanopore.

In una causa sui brevetti e in una denuncia separata con la US International Trade Commission, Illumina ha affermato che i dispositivi all'avanguardia per il sequenziamento del DNA dell'azienda britannica contengono idee rubate e dovrebbero essere fermati al porto.

A partire dal 2014, Oxford ha iniziato a spedire un nuovo tipo di sequenziatore di DNA a nanopori che analizza il DNA disegnando le molecole attraverso un poro minuscolo e delicato (vedi Radical New DNA Sequencer Finalmente entra nelle mani dei ricercatori). Ogni combinazione delle lettere genetiche A, G, C, T produce un cambiamento nella corrente elettrica mentre si muove, consentendo la lettura della molecola.

Illumina afferma di controllare il brevetto sul poro utilizzato da Oxford, qualcosa che Oxford nega. Ma la battaglia più grande riguarda le piattaforme tecnologiche e se il sequenziamento dei nanopori può sostituire o meno le macchine di Illumina.

Gli strumenti delle dimensioni di un frigorifero di Illumina sono veloci e precisi (vedi Perché Illumina è il numero uno). Ma poiché funziona in modo diverso, il MinION di Oxford, come viene chiamato il dispositivo, è abbastanza piccolo da essere portatile (ha all'incirca le dimensioni di un telefono cellulare) e legge tratti di DNA molto lunghi.

Un sequenziatore di DNA nanopore venduto da Oxford Nanopore è alimentato da una connessione USB.

Sebbene sia più lenta e meno precisa degli strumenti Illumina, la tecnologia dei nanopori minaccia di diventare un concorrente poiché gli scienziati trovano applicazioni completamente nuove per essa come il sequenziamento dei virus Ebola e la diagnosi di pazienti da un laboratorio improvvisato in Guinea .

Sul suo blog, Mick Watson, un ricercatore genetico presso l'Università di Edimburgo che utilizza entrambe le tecnologie, ha chiamato le cause incredibilmente deludente e ha detto che per i ricercatori era come avere due dei tuoi amici che litigavano.

In effetti, le due società stanno combattendo dal 2012 dopo interrompere i piani sviluppare congiuntamente uno strumento nanopore e diventare rivali.

In una dichiarazione, Gordon Sanghera, CEO di Oxford Nanopore, ha affermato che le cause erano prive di fondamento. Ha scherzato dicendo che è gratificante avere la rilevanza commerciale dei prodotti Oxford Nanopore così pubblicamente riconosciuta dal monopolista del mercato.

Oxford non ha riportato alcun dato di vendita, ma la società ha affermato che più di 1.000 team scientifici utilizzano il MinION.

Oxford è valutato L'azienda tecnologica in rapida crescita più eccitante e più preziosa della Gran Bretagna. Vale già circa 970 milioni di sterline, o $ 1,4 miliardi, e lo è pianificazione di una IPO , secondo il Orari della domenica .

Finora, i dispositivi di Oxford rappresentano una fetta del mercato di macchine, prodotti chimici e software per il sequenziamento veloce, che vale da $ 3 a $ 4 miliardi all'anno, secondo Shawn Baker, cofondatore di AllSeq, una società di consulenza genomica.

Poiché Oxford non è ancora una grande presenza commerciale, dice Baker, la causa di Illumina riguarda la protezione del loro spazio e il mal di testa a Oxford mentre cercano di diventare pubbliche.

Illumina ha difeso in modo aggressivo il proprio territorio, utilizzando abilmente riduzioni di prezzo, azioni legali e acquisizioni per mantenere la propria posizione di mercato. Nel 2012 anche ha aperto il fuoco su uno dei suoi più grandi clienti , l'operazione di ricerca cinese BGI , dopo che tale organizzazione ha acquisito una tecnologia concorrente.

I batteri utilizzano naturalmente i pori delle proteine ​​per spostare i nutrienti nei loro corpi cellulari. Ma i pori sono molto delicati e Oxford ha impiegato 10 anni per imparare a fonderli in un dispositivo fisico in grado di leggere il DNA.

Oxford non ha mai rivelato pubblicamente quali siano i pori all'interno delle sue macchine: l'azienda afferma che è un segreto commerciale. Ma secondo le cause legali di Illumina, è più probabile che il MinION utilizzi un poro sviluppato da Jens Gundlach, un fisico dell'Università di Washington e collaboratori dell'Università dell'Alabama.

Fino al lavoro di Gundlach, pubblicato a partire dal 2010 e successivamente concesso in licenza da Illumina, il sequenziamento dei nanopori è stato ostacolato da problemi tecnici. Ma Gundlach ha scoperto che un poro a forma di imbuto dai batteri Micobatterio smegmatis (così chiamato perché si trova nelle secrezioni genitali) ha prodotto un segnale circa 10 volte più forte dei pori precedenti, secondo la causa di brevetto di Illumina, a cui hanno aderito entrambe le università.

Nella sua causa, Illumina afferma che molte prove suggeriscono che Oxford stia utilizzando versioni migliorate di quel poro nel MinION.

Nel chiedere ai funzionari commerciali statunitensi di indagare su Oxford e possibilmente vietare le importazioni del MinION negli Stati Uniti, Illumina potrebbe far arrabbiare i ricercatori, poiché non è disponibile una tecnologia comparabile. Illumina non ha mai annunciato l'intenzione di vendere un proprio prodotto a nanopori.

Gli avvocati di Illumina - Fish & Richardson a Washington, DC - hanno notato che il grande pubblico non sarebbe danneggiato se il MiniION fosse fermato alla dogana e gli fosse proibito di entrare negli Stati Uniti. Illumina può colmare qualsiasi vuoto con i propri prodotti, dicono.

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